“第二敦煌”

萨迦县境内，有萨迦北寺和萨迦南寺，分别位于仲曲河北岸的奔波山南坡和仲曲河南岸平原地带，创建人为萨迦教派创始人昆·贡觉杰布。
十一世纪中叶，西藏第一代有名的佛学家鲁益旺波的第七代子孙昆·贡觉杰布为传授他所信奉的新密，在冲堆的仲曲之南查吴龙建一寺庙，名白钦宫。一天，他走出庙门，抬头远望，觉得仲曲北面，峰峦起伏，就像一头卧在草地上的巨象，巨象腹部是一片灰白土山，前面仲曲河奔腾流过。他感到这是块福地，若在巨象腹上建寺，定会佛光普照。于是他找到山地的领主向雄果，要求拨地建寺。向雄果慷慨地把从象头到象尾的一片地给他建寺。贡觉杰布便于四十岁那年(1073)在仲曲河北岸灰白土山旁建起寺庙，人们用藏语“灰白土”——“萨迦”给寺命名，此为萨迦北寺。到了贡觉杰布之子昆·贡嘎宁布时，萨迦寺的新密乘大力传播，自成新体系，为萨迦派。
十三世纪初，蒙古各部落在成吉思汗的统治下，在北方兴起。1206年，蒙古军队从北面进入西藏，部分地方首领及官吏决定向蒙古臣服。成吉思汗的孙子阔端了解到宗教势力在西藏政治经济生活中的重要地位，认识到要统一西藏，必须借助当地宗教势力，便邀请教派中影响最大的萨迦寺寺主贡嘎坚赞(萨迦班智达，意为大学者，著有《萨迦格言》等名著，一说他还创造了蒙文四十多个字母。)前往凉州(今甘肃武威)会面。贡嘎坚赞携其侄八思巴(意为圣者，精通佛典)和恰纳于1246年到凉州。会晤中，贡嘎坚赞代表西藏地方势力与蒙古王室达成协议，议定西藏归顺蒙古。贡嘎坚赞死后，八思巴继任寺主，曾几度赴内地朝见蒙古忽必烈。1260年，忽必烈称帝。1264年，迁都北京，在北京建立中央政权，授予在他身边多年的八思巴为首任“灌顶国师”,领辖全国佛教事务及西藏地区行政事务。八思巴还奉忽必烈之命制订了“蒙古新字”,俗称“八思巴字”,1269年作为国字正式颁行。1270年八思巴升号“帝师”、“大宝法王”。
1265年，八思巴受命返藏，回到萨迦，建立政教合一的萨迦地方政权，西藏正式归元朝中央政府统辖，萨迦寺又成为行政机关所在地。1268年，八思巴授意“本钦”(意为大官)贡嘎桑布兴建萨迦南寺。贡嘎桑布征集全藏十三万户的人力物力，并请内地汉族、蒙古族匠师指导，建成南寺。南寺的主体建筑是“拉康钦莫”大殿，殿内有大柱四十根，中间四根尤为粗壮。其中有根三人才能合抱的大柱子，人称之“加那色钦嘎娃”,意为“内地元朝送的柱子”。传说，当年八思巴在元朝廷任职时，想回萨迦建造寺庙，元帝知道后，便选了根直径四尺的大柱子赐给他。但柱子太大，无法运回西藏，八思巴深感惋惜，只得弃之。谁知当他回到萨迦时，那根大柱子已漂浮在仲曲河上。
寺内藏有一万多部经典，多为八思巴时集中全藏缮写家抄的，包括用金粉、朱砂等抄录的佛经以及有关天文、地理、历算、医药、文学、历史等方面的藏文典籍，有“第二敦煌”的美誉。还有宋元古瓷、玉钟、玉板，元朝皇帝送的服饰，元明织锦等。其中四十几幅“唐嘎”(轴画卷),以连环画形式表现了“萨迦五祖”(对萨迦教派最有贡献的五个人：贡嘎宁布、昆·索朗则姆、扎巴降赞、贡嘎坚赞、八思巴)的传说。其中一幅的内容为：贡嘎坚赞精通佛学，名扬藏区。印度佛学高僧卓旦嘎娃不服气，认为雪域偏僻地方，哪有能人，便上门辩论。两人直辩了十三天，卓旦嘎娃失败认输，只好拜贡嘎坚赞为师。从此，贡嘎坚赞被称为“萨迦班智达”(大学者)。
萨迦寺还是元朝流放朝廷重犯之地。很多史料记载，南宋末代皇帝赵㬎就是被发遣到这里，在晨钟暮鼓中度过余生的。