府院权限之争

黎元洪和段祺瑞之间个人关系的恶化，最初主要表现在总统府和国务院的权限问题上。
袁世凯死后，段祺瑞立即起用他的亲信徐树铮为国务院秘书长。
徐树铮(1880—1925),字又铮，江苏萧县人，十二岁时中过秀才。1905年由段保送去日本士官学校学习，两年后毕业。回国后即入段幕府，赞襄帷幄。他当时仅二十七岁，少年得志，十分自负。先后任第六镇军事参议、第一军总参谋、陆军部军学处处长。1914年，他升任为陆军部次长，同时在北京创正志中学，自任校长，并请林纾等人为教员。1915年袁世凯阴谋称帝，他力劝段祺瑞抵制，并与段共进退，因此深得段祺瑞的信任。此后，段的许多重大措施，大都出自他的策划，因此人们称他是段的“小扇子军师”。
段祺瑞以徐树铮为国务院秘书长，起初曾遭到黎元洪的反对，但由于段的极力坚持，又由于徐世昌、张国淦等人的劝说，黎才勉强从段所请，但对徐始终没有好感^[1]。
徐树铮自恃段的倚重，又有皖系军人为后盾，根本不把没有实力的总统放在眼里。内阁的文件、命令呈交总统审阅、用印，本属国务院秘书长本职，但徐却时常借故不出面，派手下人向黎呈请用印，使黎非常不快^[2]。而当徐本人进府面见总统时，老是阴沉着脸，一言不发，甚或开口顶撞。有一次，某省同日更动三个厅长，黎向徐问了一句：“任命的都是些什么人？”徐便抢白道：“只在这里盖印好了，管他任命什么人。”使黎非常难堪。黎因此愤怒地表示，再也不愿与徐见面^[3]。当时总统府秘书长张国淦与黎元洪、段祺瑞的关系很深，为人又圆滑，有他从中周旋，所以没有使事情发展到不可收拾的地步。
8月1日，张国淦因故辞去本兼各职，总统府秘书长由参议员丁世峄继任。丁世峄(1879—1930),字凫严、佛言，清末曾任山东咨议局议员，是立宪派中的激进分子。1913年加入进步党，在党内属孙洪伊一派，二次革命后倾向国民党。他到任后，力主提高总统地位，限制国务院秘书长职权。8月下旬，他提出《府院办事手续草案》,主要内容有两点：一、总统得随时出席国务会议；二、所有国务院议决事件及任免官吏命令须经该管部长官同意后，再呈大总统盖印，如总统有不同意见时，得交回国务院再议^[4]。这样，就使黎、段关系进一步紧张起来。段祺瑞不能容忍黎元洪插足国务院，他一见此草案，便称病请假不出，并放风辞职，后经熊希龄等劝解，才于26日销假视事。他当日即向徐树铮下了一道命令，凡国务院呈请总统核阅的文件，“应责成该秘书长躬自递呈，阅印后赍回。无论风雨星夜，不得假手他人，以昭慎重，而免歧误”^[5]。至于总统出席国务会议问题，段坚决不肯让步。最后府院双方议定了几条折衷的办法：一、总统不出席国务会议，但国务会议议事日程先期呈阅。二、国务会议议事记录随时呈阅。三、紧急军政要件，由国务员进府直接报告。四、总统对于国务会议议决案件，如有认为不合者，得命总理及主管国务员说明理由，说明后如仍认为不合，得交回复议一次。五、每日呈阅文件与呈请用印，由国务院秘书长亲送^[6]。此后，黎、徐关系一度表面上有所缓和。
但是，黎元洪与徐树铮冲突的根子在于段独揽政权，而黎又不甘心只作盖印的工具，这个矛盾不解决，府院之争是不可能平息的。内务总长孙洪伊到任后不久，即与徐树铮发生冲突，黎与段的关系又随之紧张起来。
7月底至8月初，孙洪伊、张耀曾等国民党阁员在孙中山、黄兴的支持鼓励下，先后由上海北上就任。他们到任，对段、徐的专擅是不利的。孙洪伊(1870—1936),字伯兰，直隶人，清末为立宪党激进派领袖，1913年加入进步党。二次革命后，转向国民党阵营，并博得好评^[7]。他到任未及一月便与徐树铮展开斗争。
8月下旬，湖南议员郭人漳、周震鳞对投靠皖系的官僚政客胡瑞霖(时任福建省长)在湖南财政厅长任内的劣迹提出查办提案转到国务院后，徐树铮不与主管的内务总长孙洪伊协商，也不经国务会议，就擅自以国务院名义咨复众议院，极力为胡辩护，将提案驳回。孙以此事关系责任权限甚大，向段祺瑞据理力争，并提出辞职以示抗议，同时还致信众议院，撤销其辞退议员书，表示仍愿就议席，搞得段、徐非常狼狈^[8]。嗣经黎元洪、段祺瑞极力挽留，孙始打消辞意。段当即命徐将原咨文追回。徐答应照办，继又捏称该咨文已由众议院秘书厅印送各议员，无法追回。孙洪伊即用电话询知众议院并无此事，方知徐是故意撒谎，于是又起冲突^[9]。
此后，段祺瑞、徐树铮对不受他们羁束的孙洪伊恨之入骨，必欲去之而后快。9月初，孙为整顿内务部，裁减部员，被裁汰者祝书元等在徐树铮煽动下，向平政院起诉，控告孙违法。20日，平政院裁定：“撤消内务部原令，准被解职人员仍回内务部供原职。”^[10]孙拒不接受此项裁决。于是，徐批就一道执行平政院裁决书的命令，送府盖印，但孙拒绝副署，黎元洪也不予盖印，批复“交院再议”。黎并从孙所请，将此案批交国会审议。事情拖到10月，段再也不能忍耐，于19日呈请罢免孙，但遭黎拒绝。
这次政潮，还波及到国会。早在9月24日，研究系的机关报《晨钟报》,便刊文攻击孙洪伊“违法”。10月23日，研究系首领汤化龙又以“老友”身份进总统府，以所谓“舆论”向黎元洪施加压力^[11]。在段祺瑞和研究系的威胁之下，黎开始动摇，劝孙“自请辞职”,或“赴东西洋各国考察政治”,或“转任其他特任官”^[12]。但是，孙毅然表示“自信无过”,宁受免官处分，决不自请辞职。
商榷系的韬园系和丙辰俱乐部两团体坚决支持孙洪伊与段祺瑞抗衡。24日，直隶议员王玉树就国务总理径自呈请罢免国务员是否合法问题，在众院向段提出质问。11月上旬，吕复又提出查办徐树铮案，列举徐七大罪状，联署者六十余人^[13]。
孙洪伊既不肯辞职，段祺瑞便以自己辞职相威胁。黎元洪只好采纳左右意见，请徐世昌出来组阁。袁世凯死后，徐世昌长期居于河南辉县水竹村，名为“退耕”,实为观望。10月下旬，黎的代表到辉县请徐出来组阁，徐托故拒绝。11月初，黎又派代表去请，徐表示：“倘允不入政界……一俟感冒就痊，即当就道。”黎只好答应徐仅负调停之责^[14]。其实，徐并非不想出山。赴京之前，他曾致电冯国璋，商讨调解政局的策略，实际上就是一种试探，但冯未置可否。冯对混乱的政局有自己打算，他在黎与段、研究系与国民党的对立中，采取第三者的姿态。9、10月间，梁启超到南京活动，极力劝冯与段合作，支持研究系，冯未作积极响应。在此前后，段曾数次派人到南京争取冯的支持，冯也采取敷衍态度。
11月16日，徐世昌抵京。次日，黎元洪便亲自到东四五条胡同徐宅拜访。嗣后，徐向段祺瑞建议，将徐树铮改任陆军总长，孙洪伊改任农商总长。但是段不以为然，他认为孙“不择手段，破坏北洋团体”,必须逐出内阁。19日，徐又向黎、段建议，将孙和徐同时去职，由张国淦任国务院秘书长。段勉强同意。20日，孙被解职。两天以后，徐也在段授意下辞职。研究系对孙洪伊被逐出内阁，感到很快意。22日，梁启超从广州致电徐世昌说：“维持内阁，实今日不二法门，公大力主持，大局当可立定。”^[15]
孙洪伊被免职后，回到国会，利用国民党在国会的优势，继续抵制段祺瑞。国会接连否决段提名任命任可澄、张国淦为内务总长的提案。孙并进一步策划利用国会推倒段内阁。12月2日，韬园系首领、直隶议员温世霖在众院提出弹劾段祺瑞的提案。孙洪伊在国会的活动，威胁到段内阁的存在，段决以武力相待。1917年1月13日，步兵统领江朝宗派兵包围孙宅，进行搜查，准备逮捕孙洪伊。孙事先得人通报，逃往南京托庇于冯国璋。
逼走孙洪伊后，段祺瑞仍不满足，又挑唆督军团要求总统黎元洪罢免总统府秘书长丁世峄。2月25日，黎被迫批准丁辞职，由夏寿康继任。
府院政潮虽因孙洪伊、徐树铮和丁世峄相继去职而暂告一段落，但黎元洪与段祺瑞的关系并未改善，而是处于暂时僵持状态。不久，双方又因对德外交问题发生新的斗争。