中央军事机关的改组

袁记约法规定大总统总揽军权，如：“大总统为陆海军大元帅，统帅全国陆海军”,决定陆海军编制、兵额及宣战媾和，等等。据此，袁世凯于1914年6月8日下令成立“陆海军大元帅统帅办事处”,将原来总统府的军事处撤销。统率办事处是最高的军事机关，与文事方面的政事堂并立，一武一文，作为袁世凯独裁统治的左右手。
对统率办事处组织章程的拟定，袁世凯的军事顾问坂西利八郎^[1]起过重要作用。据组织令规定，办事处设办事员，“由参谋总长、陆军总长、海军总长、大元帅特派之高级军官及办事处总务厅长担任”。袁世凯任命荫昌(侍从武官长)、王士珍、段祺瑞、刘冠雄、萨镇冰(海军司令)、陈宧(参谋次长)为办事员，唐在礼^[2]为总务厅长，张士钰为副厅长。按规定，办事员轮流在办事处值日，实际上王士珍担任常务，一切要政都呈袁世凯定夺。办事处设有军政、军令、军械三所，各有主任主持其事。
统率办事处的权力十分广泛，凡所讨论的事务涉及外交、内务、财政、交通时，都召该部总长列席，往往当场就作出决定。各部或各省的重要机密事务，也大都呈报办事处。袁世凯的命令、批示，均以大元帅名义发出。京内外文武官吏对此类命令从不敢怠慢。唐在礼后来回忆说：“本来政事堂有些相当清室军机处的样子，其后来倒是统率办事处在实际上起着新的军机处的作用。”^[3]
成立统率办事处的原因，袁世凯说是为了集中陆军、海军、参谋三部统筹军事，其真正目的是削弱陆军部的权力，把军权收归他一人掌握。原来，自北洋政府成立后，军权一直在段祺瑞控制的陆军部，内阁屡次更迭，陆军总长一席总是非段莫属。在军事上袁也完全信任和依靠段，重大措施差不多都要和段商量决定。总统府军事处仅仅起袁世凯与各军事机关联络的作用。段对袁感恩不已，愿受驱策，事事奉命唯谨。为摧毁非北洋派，特别是国民党人的军事力量，段卖过死力。但自镇压二次革命后，陆军部的势力大大膨胀，关于军官的提升或降黜，段往往擅自决定，而且所提拔的人又多是他的门生和部属，如徐树铮、靳云鹏、傅良佐、吴光新、曲同丰等，在陆军中隐然自成派系。这自然使一向重视军权的袁世凯感到不安，统率办事处的成立就是为了扭转军权旁落的趋势。
统率办事处成立后，袁世凯在总统府又组织了一个军需处，由唐在礼兼任处长。这个以军需为名的机构，并不管陆、海军的军需事务，而专门管理秘密支付的“特别费”。这种特别费的开支很大，也很频繁，每笔一两万到几十万不等，均凭袁世凯的字条支付，无需说明用途，主要用于收买文武官吏、政党首领和报纸发行人，军政执法处等特务警察机关的重大案件侦缉费用，以及为筹建模范团购买军火等。这个机构和统率办事处一样，在袁死后都被撤销。
为进一步控制军队，袁世凯以北洋军暮气沉沉为理由，决定在统率办事处的直接领导下编练模范军，派王士珍、袁克定(袁世凯的长子)、张敬尧、陈光远为筹备员。1914年10月，成立了一个类似军官教导团式的“模范团”,抽调各师下级军官为士兵，中高级军官为该团下级军官。每期半年，一期计划培训两个师的军官。第一期袁世凯自兼团长，陈光远为团副。第二期袁克定为团长，陆锦为团副。陈光远和陆锦都是袁克定的亲信，所以模范团实际上由袁克定一手包办。该团的训练计划是由蒋方震草拟的，完全采用德国训练方式。袁氏父子一向崇拜德国的军事，对德国皇太子在德军中的影响略知一二。模范团的建立，表明袁世凯有意仿效德皇的办法，为自己的儿子在陆军中树立权威，为家天下作准备。模范团第一期毕业后，即编为北洋陆军第十一、十二两师，以张永成、陈光远为师长。第二期毕业后编为第九师，以陆锦为师长。
对军事一窍不通的袁克定，突然插足军队，激化了北洋派内部的矛盾，北洋将领多为之寒心，而以段祺瑞为最甚。段祺瑞素性刚愎，对统率办事处的成立，早已公开表示不满，常常借故拒绝出席该处会议，陆军部的事务也让他的心腹徐树铮办理。他对袁克定毫不敷衍，对其左右的人更不客气。因此，袁世凯和段的关系日益恶化，段即托病请假赴西山“疗养”,北洋军事重心就转移到王士珍身上。1915年5月31日，袁派王士珍署理陆军部长。王对袁唯命是从，遇事绝不敢有所坚持；又不培植个人势力。袁在军事上很尊重他。为了清洗段的势力，袁世凯授意肃政厅弹劾徐树铮订购外国军火浮报四十万元，并以此于6月26日免去了徐的陆军次长，派田中玉继任。此为段和徐后来拒绝拥袁称帝的远因。
为了从精神上加紧对军队的控制，袁世凯于1914年11月11日以大元帅的名义，发出第一号军令，颁布军人训条十条，其中第一条为“军人宜效命国家，忠事元首，坚心定志，切戒妄听邪言”^[4]。并由统率办事处派出大批“宣讲员”,至各师传达宣讲。前此在1912年12月26日，袁曾发布过一个“告诫军人训条”十条，其中并没有“忠事元首”字句，而今却命令官兵忠于他个人，以加强其独裁统治^[5]。1914年11月20日，袁又命令“以关(羽)岳(飞)为武圣”,由全国军人供奉，并指令统率办事处拟定供奉礼制。但北京从来没有关岳合祀之庙，新建又来不及，便将地安门外西皇城根之白马关帝庙大加修饰，由驻京军队及模范团列队前往行礼宣誓。1915年1月13日，模范团第一期全体官兵在陈光远率领下赴庙宣誓，袁世凯派侍从武官长荫昌监誓，誓词为：“服从命令，尽忠报国，诚意卫民，尊敬长上，不惜性命，言行信实，习勤耐劳，不入会党”,最后表示“誓愿八条，甘心遵守，违反其一，天诛地谴”。
新成立的将军府，为“军事之最高顾问机关”,直隶大总统。按其组织法规定，有上将一人，将军二十六人，参军二十五人。袁世凯任命段祺瑞为建威上将军兼管将军府事务。凡在一省做过都督而被解职来京者，都任命为将军，冠以“威”字，以区别于各省有督理军务之权的“武”字将军，如蔡锷为昭威将军，张凤翙为扬威将军，蒋尊簋为宣威将军。“将军月俸千元，安富尊荣，清闲自在”^[6]。将军府实际上是安置失意将领的闲曹，被人嗤为“养老院”^[7]。