特别行政区

清朝在东三省、蒙古、新疆、青海和西藏等地设特别行政区，采取和内地不同的行政管理方法。在蒙古地区实行盟、旗制度。旗是中央政权下的基本行政单位，旗设札萨克1人，掌管全旗政令。旗上有盟，每盟有若干旗组成，盟设正、副盟长各1人，是理藩院从各旗札萨克及闲散王公中选奏请皇帝任命。盟不是旗的上级组织，而是一个代表中央对所属各旗实行监督的监察机构。对蒙古封建主分别加封亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等爵位。在维族地区，设总理回务札萨克郡王1人，治理该部政务，又设协理图撒拉克齐2人佐之。各大小城池，皆因其旧名置各种名目的大小克伯等官员，自三品至七品。由朝廷派驻的伊犁将军、喀什葛尔参赞大臣及领队大臣、办事大臣等统辖。在西藏地区，达赖(驻拉萨),班禅(驻扎什伦布)掌政令、行教化，同为政教僧俗领袖。在卫、藏、喀木、阿里4部，各设噶部伦，以治政事。清朝政府设置的驻藏大臣同达赖、班禅具有同等权力和地位。在东北地区在旧都盛京设内大臣1人，副都统2人，康熙元年改为辽东将军。1683年，清政府又设黑龙江将军，管理黑龙江地区。云、贵、川、广西等少数民族地区仍用土司制度。