清代的改土归流

清初，贵州长期处于战乱之中，南明永历帝曾流亡贵州，贵州的安龙一度成为小朝廷驻跸之地。永历兵败，吴三桂反清，贵州又归吴三桂所有，直至康熙十九年(1680),“三藩之乱”平定，清政府才恢复对贵州的统治。
清代在贵州建置上最大的事件莫过于大规模的改土归流。
土司设置如前所述，对稳定中央王朝对贵州的统治曾产生过一定作用。但土司所辖地区，朝廷政令无法推行，赋税无所出，许多土司不仅对属下土民进行残酷剥削，推行落后的农奴制；为争夺土地和奴隶，不仅土司之间，甚至与中央王朝武力对抗。明代就曾发生播州土司杨应龙聚兵反明事件，明王朝动用四川、湘广等地兵力，才平定下去。当清朝在贵州统治确立，便决定大规模推行改土归流政策。雍正四年(1726)云贵总督鄂尔泰奏请“剪除夷官，清查田土，以增赋税，以靖地方”,开始大量裁撤土司，由中央委派流官治理，形成改土归流高潮。被裁撤的土司，其领地只保留少部供衣食之用，大部分没收，这自然要引起土司们的对抗。雍正六年(1728),清军向黔东南地区发动重兵征讨，“伐山通道，穷搜窟宅”,先后占领八寨(今丹寨)、丹江(今雷山)、九股(今台江)、清江(今剑河)、古州(今榕江)等地，称之为“新疆”(即新辟苗疆之意)。并在此设立六个厅。加上在这之前平定的黔西和黔北诸土司、土官，贵州全境县以上已全部设立流官，只保留了少数低级土官，归属各州县管辖。
清代大规模的改土归流，曾因各地土司的反抗及清兵不分良莠大规模的烧杀，给少数民族地区带来灾难。但大量割据一方的土司的消灭和权力的被剥夺，瓦解了民族地区残存的奴隶制和农奴制，加强了与较先进的汉族地区的联系，有利于贵州境内经济、文化的发展，是值得肯定的。魏源曾说鄂尔泰倡议的改土归流，“功在西南，至今百年享其利”,(《圣武记》)是有一定道理的。
清代对贵州疆域有了新的界定，遵义及威宁一部从四川来属，湘广的天柱等地划给了贵州，广西红水河以北府县也归并于贵州，至此，贵州的疆域才基本形成今天这个样子。通过大规模的改土归流，清政府在土司所辖土地设置府、县，至清末，贵州全省辖十二府，一直隶州，一直隶厅，六十九个州、县、厅，大部分州、县名称与今天市县名称已趋一致。